Departament Środowiska w związku z realizacją swych zadań współpracuje z administracją rządową i samorządową, wojewódzkimi jednostkami organizacyjnymi, administracją zespoloną oraz innymi instytucjami. Są to w szczególności:

1. Ministerstwo Środowiska - www.mos.gov.pl
2. Wielkopolski Urząd Wojewódzki w Poznaniu - www.poznan.uw.gov.pl
3. Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej - www.nfosigw.gov.pl
4. Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Poznaniu - www.wfosgw.poznan.pl
5. Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Poznaniu - www.poznan.wios.gov.pl
6. Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Poznaniu – www.poznan.rdos.gov.pl/
7. Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w Poznaniu - www.poznan.rzgw.gov.pl/
8. Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej we Wrocławiu – www.wroclaw.rzgw.gov.pl
9. Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w Warszawie - www.warszawa.rzgw.gov.pl
10. Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w Gdańsku - www.rzgw.gda.pl